曼哈顿图（Manhattan Plot），因其形似曼哈顿摩天大楼，故俗称为曼哈顿图。本质上是散点图，一般用于展示大量非零的波动数据，y 轴高点显示出具有强相关性的位点，最早应用于全基因组关联分析（GWAS）研究中，可以一目了然地看基因的频率、分布。

适用场景

曼哈顿图主要用于全局展示数据全貌，快速找到目标位点，同时可以知道目标位点的具体位置，显著性。
优势：曼哈顿图即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或 OTU,同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。
缺点：适用面较窄，一般用于基因相关的学科研究。

图例

1. 在展示基因组中与某种表型显著相关的 SNP 位点或基因型信息时，可以利用曼哈顿图进行较为直观的展示。

2. 在对染色体绘制负对数 P 值的分布图时，可以利用曼哈顿图进行较为直观的展示。